孔孟后人自明朝初起，开始使用由中央政府颁布的字取譜名，并区分家族内部辈份。明建文二年（1400年），惠帝賜孔氏八字行輩：「公、彦、承、弘、聞、貞、尚、胤」，以供取名。由於56代及57代衍聖公孔希學及孔訥先後於明洪武時襲封，所以「希」「言」亦用於行輩，排在「公」前。明朝崇禎元年（1628年），原行輩已經不夠用，經65代衍聖公孔胤植奏准續十字，取名行輩：「興毓傳繼廣，昭憲慶繁祥」，而據《闕里志》載，此十字行輩亦連同十個表字輩：「起鍾振體京，顯法澤羽瑞」。而「弘」字為清高宗避諱改為「宏」；「胤」字避清世宗諱改為「衍」，又有改為「蔭」、「允」、「員」、「尹」，但較少見。清同治二年，75代衍聖公孔祥珂襲封時因原有行輩經已用盡，故奏准新立行輩為：「令德維垂佑，欽紹念顯揚」。

民國四年（1915年），袁世凱洪憲稱帝，賜孔、孟、顏、曾四裔十字行輩：「鼎新開國運，克復振家聲」，但此不為四裔後代所承認。

民國八年（1919年），76代衍聖公孔令貽又曾擬二十行輩，但未及上呈而逝世。民國九年（1920年）十月由其遺孀陶夫人召集合族，議定先公所擬二十行輩，咨請北洋政府內政部核准公布。新擬行輩為：「建道敦安定，懋修肇彝常，郁文焕景瑞，永錫世緒昌」。故孔子後裔自56代起至於105代行輩如下：「希言公彦承，宏聞貞尚衍，興毓傳繼廣，昭憲慶繁祥，令德維垂佑，欽紹念顯揚，建道敦安定，懋修肇彝常，郁文焕景瑞，永錫世緒昌」。自此用于孔子家族的辈份排定的字数共计50个。不少孔孟后人从名字上就能看出来辈分大小。在此之前，孔子家谱非常繁芜，这个取字方法比先前大大简化，又经皇帝提倡，使得其他大家族谱系的也开始效仿这种方法。

《孔子世家谱》续修工作协会会长、孔子第77代孙孔德墉曾对外介绍说，受国际儒学联合会的委托，1998年孔子的后人在香港注册了《孔子世家谱》续修工作协会，开始收集族人资料，进行《孔子世家谱》的第五次修订；协会於世界各地建立了450多个续修机构，收到世界各地120多万份孔子后裔的资料，當時收到的譜系中，孔子后裔繁衍到辈分最小是第83代“念”字辈。

由于孔氏谱系的完善，有时孔姓人也会遇到了一些小小的不便之处。如若按孔氏家规规定，同姓同宗晚辈见到长辈一定要按辈份称呼，往往出现年龄相仿者辈分相差数辈甚至十数辈的情形。另衍圣公府里面不用孔姓人士为佣人，主要原因就是衍圣公身居嫡系，很可能比多数旁系同宗人辈份要低（衍聖公為一個大家族中嫡系長房的嫡長子，在大家族中，往往因子嗣眾多，同宗的族人輩分差距容易拉大，同宗的旁系族叔、族叔祖有可能跟嫡系的族侄、族侄孫同齡，甚至年紀比族侄、族侄孫小的情形，造就衍聖公年齡大卻比其他房族人輩分小的窘境。），导致主僕关系和辈分关系发生尴尬。一些孔姓贫穷人家可能会先改名姓再进府为僕。孟、曾、闵、冉（伯牛）、冉（仲弓）、端木、言、卜、颛孙、有等孔子弟子亦用孔姓行辈排序，唯开始时期和严格程度各有差异。颜氏、仲氏所用字派则不同。